iOS,アプリのアップデートの何かしらの原因でリカバリーモードのなってしまいiTunesでの作業をしなければいけない場合があります。
写真等、消したくないデータもあると思いますが、現在のiTuneでの作業を行う場合、通常はアップデートをクリックして正常に戻す作業をしますが、iTuneで初期化が必要と判断した場合、工場出荷時の状態（初期化）に強制的になってしまい、データが無くなってしまいます。
定期的なバックアップを行う事をお勧めいたすます。
iCloud,PC,各キャリアのデータお預かりサービスの利用。
iCloudのバックアップは本体での確認の他に、PC等でiCloud.comで確認する事ができます。